根據(jù)果園地理位置套栽：干旱地區(qū)果園只適合套栽耐旱藥材，如柴胡、黃芬、黃芪、知母等；水澆地區(qū)可選擇套栽較喜濕潤(rùn)、不耐寒的藥材，如元胡、附子、北沙參等；山區(qū)則應(yīng)選擇套種喜濕、怕熱的黃連、黨參、麥冬、三七、西洋參等。
根據(jù)果樹(shù)的物候套栽：棗樹(shù)、柿樹(shù)等發(fā)芽較遲的果樹(shù)，可套栽喜光但有夏眠習(xí)性的藥材，如貝母、元胡等；對(duì)桃、杏、櫻桃、枇杷等果熟期在最熱月份到來(lái)之前就已結(jié)束的果園，可套栽喜熱怕踐踏的菌類(lèi)藥材，如茯苓等，還可利用此階段樹(shù)冠的保濕、遮蔭作用掛袋生產(chǎn)木耳和銀耳。
根據(jù)樹(shù)齡套栽：幼樹(shù)果樹(shù)因尚未封行，可在行間栽培1～3年收獲的喜光藥材，如地黃、遠(yuǎn)志、黃芩、菊花、黃芪、牛膝、板藍(lán)根、草決明、白術(shù)、柴胡等。老齡果樹(shù)園則應(yīng)選擇喜陰或耐陰的藥材套種。
根據(jù)樹(shù)冠情況套栽：樹(shù)冠及樹(shù)葉較稠密的果樹(shù)，如桃、櫻桃、杏、葡萄、柿子等，可套栽半夏、天麻、靈芝、黃連等喜陰濕環(huán)境的藥材；樹(shù)冠較稀疏的果樹(shù)，如蘋(píng)果、梨、山碴等則可套栽丹參、百合、天門(mén)冬等稍耐陰濕的藥材。