內(nèi)毒素在細(xì)胞內(nèi)的解毒和清除涉及內(nèi)化過(guò)程，機(jī)體的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)也可能涉及內(nèi)化活動(dòng)，目前對(duì)內(nèi)化和激活及其關(guān)系的看法尚存在爭(zhēng)議，但多數(shù)學(xué)者傾向于內(nèi)化與激活是分離的。
lps的生物學(xué)活性大部分是由脂質(zhì)a產(chǎn)生。脂質(zhì)a以糖胺雙糖（glucosamine disaccharide）為骨架，共價(jià)連接著磷酸基團(tuán)、脂肪酸、多糖鏈。典型的lps分子為4個(gè)3-羥基十四烷酸（3-hydroxytetradecanoate，3-oh-14：o）直接連接在糖胺雙糖上，如沙門菌（salmonella）和大腸桿菌（e.coli）。3-oh-14：o上的—oh殘基與非羥化的脂肪酸發(fā)生酯化反應(yīng)，其中脂肪酸主要為十二烷酸和十四烷酸。因此，脂肪酸與糖胺共價(jià)連接就產(chǎn)生?；峄Y(jié)構(gòu)（acyloxyacyl structure）。
連接到糖胺上的3-oh-14：o是lps具有生物學(xué)活性所必需的，無(wú)3-oh-14：o結(jié)構(gòu)的脂質(zhì)a，其生物學(xué)活性會(huì)大大降低。脂質(zhì)a活性與其空間構(gòu)象關(guān)系密切，具有錐體（conical/concave shape）立體結(jié)構(gòu)的lps分子，即在其x線衍射圖中疏水區(qū)的橫切面大于親水區(qū)的橫切面，其毒性強(qiáng)；而具有圓柱形（cylindrical shape）或板層狀（lamellar shape）立體構(gòu)象的lps分子，即在x線衍射圖中疏水區(qū)的橫切面小于或等于親水區(qū)，則可表現(xiàn)出部分拮抗劑的效應(yīng)。原因可能為脂質(zhì)a在插入單核細(xì)胞的胞膜時(shí)，其圓柱立體型結(jié)構(gòu)阻止與信號(hào)蛋白質(zhì)進(jìn)行相互作用，但這種觀點(diǎn)未達(dá)成共識(shí)。
也有學(xué)者認(rèn)為應(yīng)該拋棄脂質(zhì)a插入單核細(xì)胞膜上的觀點(diǎn)，因?yàn)閘ps只需直接與tlr4發(fā)生密切物理接觸，誘使tlr4的胞質(zhì)結(jié)構(gòu)域發(fā)生構(gòu)象改變，為其下游分子提供錨定位點(diǎn)，引出酶學(xué)級(jí)聯(lián)反應(yīng)，活化多個(gè)轉(zhuǎn)錄因子，如ap-1、nf-κb、jun以及stat等，促使多種炎癥因子如tnf-α、il-1、il-6、no、環(huán)氧化酶等表達(dá)，而與lps內(nèi)化不存在必然的聯(lián)系；同時(shí)，tlr4也能夠自身激活，這可能與自身免疫性疾病的發(fā)生有關(guān)。在樹(shù)突狀細(xì)胞中也有酰基羧基水解酶（acyloxyacyl hydrolase，aoah），同樣可以發(fā)揮解毒效應(yīng)。