sciex和illumina 共同研發(fā)整合蛋白質(zhì)組學(xué)和基因組學(xué)
近，美國(guó)的三個(gè)研發(fā)機(jī)構(gòu)發(fā)布了分析和比較蛋白質(zhì)組學(xué)和基因組學(xué)數(shù)據(jù)的新應(yīng)用，這些應(yīng)用方法是oneomics項(xiàng)目的一部分。oneomics是illumina和sciex的合作項(xiàng)目。
為了消除不同組學(xué)之間的信息壁壘，oneomics項(xiàng)目將sciex基于新一代蛋白質(zhì)組學(xué) 的swath 采集系統(tǒng)和illumina公司基于basespace云計(jì)算的新一代測(cè)序數(shù)據(jù)相結(jié)合。advaita bioinformatics注：最小抗拉強(qiáng)度值不是鏈條的工作載荷公司、系統(tǒng)生物學(xué)研究所和耶魯大學(xué)的研究人員也在采用swath蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)開發(fā)云技術(shù)對(duì)與國(guó)內(nèi)實(shí)驗(yàn)機(jī)廠家來(lái)講的應(yīng)用程序和數(shù)據(jù)庫(kù)。
系統(tǒng)生物學(xué)研究所副教授rob moritz帶領(lǐng)團(tuán)隊(duì)開發(fā)了swathatlas ion library gen飛機(jī)減重能夠節(jié)省燃料本錢erator應(yīng)用程序，它提供了快捷進(jìn)入isb數(shù)據(jù)庫(kù)的方法，為具有swath采集系統(tǒng)的ngp服務(wù)。目前，isb數(shù)據(jù)庫(kù)已經(jīng)包括了人、酵母和結(jié)核桿菌蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫(kù)。我們很高興成為sciex和illumina合作項(xiàng)目的一部分， moritz說(shuō)，isb和整個(gè)學(xué)術(shù)界開發(fā)的這些應(yīng)用程序提供了一個(gè)強(qiáng)大的解決方案，這不僅給蛋白質(zhì)組學(xué)研究道路帶來(lái)很大影響，而且將會(huì)建成系統(tǒng)生物學(xué)數(shù)據(jù)系統(tǒng)。
advaita公司為basespace平臺(tái)研發(fā)了ipathwayguide分析包。該應(yīng)用分析包可以用作生化途徑分析、go分析、mirna預(yù)測(cè)、藥物和疾病分析。它簡(jiǎn)化了從整合蛋白質(zhì)組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)尋找生物數(shù)據(jù)的過(guò)程，并將有助于推進(jìn)生物標(biāo)志物的發(fā)現(xiàn)和疾病研究。
耶魯大學(xué)的chris colangelo和rob kitchen共同為basespace平臺(tái)開發(fā)了rnaseq應(yīng)用程序。這個(gè)應(yīng)用程序能將一個(gè)illumina的rnaseq實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為一種蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)組，得到的數(shù)據(jù)可以為建立sciex swathtm采集系統(tǒng)數(shù)據(jù)庫(kù)。因此，它是一個(gè)更有針對(duì)性的蛋白質(zhì)組學(xué)分析方法，這對(duì)某特殊疾病的遺傳學(xué)研究者來(lái)說(shuō)非常有用。這一系列工作流程是系統(tǒng)生物學(xué)研究的普通需求，但直到現(xiàn)在只有少數(shù)專業(yè)的實(shí)驗(yàn)室能滿足這些復(fù)雜的生物信息學(xué)條款。
swathtm采集系統(tǒng)使研究人員能夠準(zhǔn)確、多次的從成百的樣品中定量數(shù)以千計(jì)的蛋白質(zhì)，從而得到在不同環(huán)境刺激下蛋白質(zhì)組的變化等非常有意義的結(jié)論。 sciex公司的理論與臨床研究業(yè)務(wù)總監(jiān) aaron hudson說(shuō)，下一步是將得到的這些蛋白質(zhì)組學(xué)的結(jié)論與基因組學(xué)和轉(zhuǎn)錄組學(xué)等其他組學(xué)的結(jié)論整合在一起。此項(xiàng)目的三家合作機(jī)構(gòu)isb、耶魯大學(xué)和advaita bioinformatics公司都推出了免費(fèi)的應(yīng)用程序，這些應(yīng)用程序?qū)Υ斯ぷ鞣椒ǖ纳钊雽?shí)驗(yàn)室很有幫助，同時(shí)也鋪設(shè)了通向橫跨生命科學(xué)中兩大領(lǐng)域的標(biāo)準(zhǔn)化數(shù)據(jù)分析的道路。
編譯：郭浩楠