全自動菌落計數(shù)器是由圖像輸入、圖像處理軟件與數(shù)據(jù)儲存三個部分組成。軟件系統(tǒng)通過圖像輸入設備對培養(yǎng)好的菌落進行數(shù)字化圖像采集。
經(jīng)usb口數(shù)據(jù)通信傳輸?shù)接嬎銠C終端計數(shù)憑條，對輸入的數(shù)字圖像進行一系列圖像算法處理，輸出計數(shù)結果，根據(jù)情況進行人工校正，計數(shù)完成后可對相關文件進行保存，將輸出的數(shù)據(jù)存儲在計算機中。
目前，大多數(shù)實驗室仍然采用傳統(tǒng)的人工肉眼結合菌落計數(shù)器的計數(shù)方法：借助放大鏡的觀察，用計數(shù)筆點擊每一個菌落，計數(shù)器計數(shù)每一個點擊產(chǎn)生的壓力電子脈沖得出總數(shù)。這樣雖然成本低廉，但是也有很多的缺點：
1、識別和計數(shù)錯漏
所有的計數(shù)都依靠壓力對壓力脈沖產(chǎn)生次數(shù)的記錄，不同人員的操作產(chǎn)生的壓力不同就難免產(chǎn)生漏記，而且計數(shù)的結果也因操作人員對菌落的識別經(jīng)驗不同而產(chǎn)生差異，系統(tǒng)偏差較大。很多實驗室在采用一段時間的全自動菌落計數(shù)器輔助計數(shù)以后，又“回歸”純粹人工肉眼計數(shù)。
2、標記和修正不便
肉眼計數(shù)和菌落計數(shù)器計數(shù)都依靠計數(shù)筆在被統(tǒng)計的菌落上留下墨水筆跡來進行標記，因此在存在密集菌落的情況下就標記不便，而且發(fā)現(xiàn)誤統(tǒng)計時需擦去墨水痕跡導致修正不便。
3、效率低下
肉眼計數(shù)和全自動菌落計數(shù)器計數(shù)都需要人工用肉眼識別每一個菌落，因此一旦樣品較多就會耗費大量的時間，影響研究或是結果報告的效率。
4、原始結果無法保存
在做完統(tǒng)計后，留下了一個統(tǒng)計數(shù)字，而對記錄和驗證實驗結果很重要的培養(yǎng)平板表面菌落生長狀況卻因為平板的洗掉而無法保存。