求大批量提取dna的簡便方法,最近實驗室要對轉基因的材料進行pcr檢測,估計要提取數以千計的水稻葉片dna。實驗室一直用ctab法。因為只用于pcr檢測,dna的量和質量要求都不高,請問各位同學有沒有簡便快捷的提dna方法?
pcr的時候誤加了pbs有影響嗎?
提供一個方法,我最近一直用這個方法提取擬南芥dna用于pcr,效果很好,方便快捷。見文獻
a simple and rapid method for the preparation of plant genomic dna for pcr analysis
k.edwards, c.johnstone and c.thompson
nucleic acids research, vol. 19, no. 6 1349
實驗室提擬南芥dna,edards溶液簡易法用機器震蕩完成,如果熟練加努力,一個人一天能提好幾百個。
液氮提取啊,收率很高的,而且方便
應該是edwards,另外可以用葉片組織直接pcr的,可以自己摸索,也可以向公司購買。
我是小白來學習下~寫寫樓上的幫助
上面這位師兄的這篇文獻所敘述的方法被廣泛應用中,實際操作過程中,個人不建議在提取液中加入ctab,那樣可能會導致dna擴增不出來,具體什么原理,暫時也還么有搞懂,但實踐證明不加ctab,提取的水稻dna效果很好。并且耗時很短。幾千個的話,快的話幾天就搞定了。。
請問能說說你的詳細步驟嗎?是不是和文獻上的一樣:
用離心管切下葉片,然后用一次性的研磨棒磨碎,加入提取液,漩渦混勻5 s,室溫靜致1小時。13000 rpm離心1 min,取上清加入適量異丙醇沉淀核酸,13000 rpm離心5 min,干燥沉淀加水溶解。
這兩周我在做race,導師單人匹馬用傳統的ctab法把幾千個樣都搞掂了....不過再過幾個月又要檢測晚造的植株了,還是想要試一試簡便的方法。
你們導師是一位很強悍的人啊,這點上,讓人佩服,作為學生的我們實在是感到汗顏。
上面那位前輩的文獻我看了,其實有些步驟是不一樣的,比如說我們添加了一步酒精清洗dna,這樣的dna比不清洗的肯定要好。
但是師兄不知道你提這個dna干什么用的,有點必須說清楚,sds法提取的是微量dna,如果是做定位什么的,這個方法還是稍顯欠缺的。傳統ctab法自然是有它的道理。
那么下面就說說一般我們是怎么做的吧。
首先磨碎加入提取液混勻,我們甚至沒有用到漩渦震蕩儀,靜置一段時間,具體我還真沒怎么記是多久,反正一個小時以內了,然后12000離心2min,吸取上清,加入異丙醇沉淀,靜置兩分鐘,適量混勻。12000離心5min,去除上清,加入75%酒精清洗,離心5min,去酒精,干燥沉淀,加入ddh2o溶解。
我就是核酸提取后,pcr多態(tài)性擴增不出條帶(白板),是什么原因呢?用的引物是issr,材料是果樹類蓮霧葉片,體系沒有問題,是讓別人一塊的帶著混樣的,模板量是母液稀釋30倍后加2微升,提取步驟:ctab法,酚-氯仿-異戊醇抽提10min,氯仿-異戊醇抽提10min, 異丙醇沉淀,te溶解,rna酶處理,氯仿-異戊醇抽提10min, 異丙醇沉淀;dd水溶解===這種情況是年后才出現的,以前的時候沒有問題,已經提取了好多次了,有的時候是剛提取后 就擴增條帶很好,然后不到一周就又不行了,搞不明白啊~~
十分感謝。我們提dna只是為篩選轉基因的水稻植株,dna的質量要求不高。
另再問,你是用液氮磨碎樣品的嗎?用的提取液應該是和文獻的一樣的吧:200 mm tris hcl ph 7.5, 250 mm nacl, 25 mm edta, 0.5% sds。
同學你的dna質量如何呢?譬如說擴actin之類的正對照能擴出來么?
正對照是怎么跑的呢?dna質量個人認為還行吧,方法是實驗室傳統方法,以前都沒問題,一直在找原因,頭都大了~·
師兄啊我倒是想幫你分析呀,但是我沒有實際用ctab操作過,都是理論上的知識,現在也就開始做實驗頂天三個月,積淀還差的遠,有心無力。
個人覺得吧實際做實驗的時候什么情況都能出現。還真說不出來個所以然。有幾次我更糾結呢,一個indel引物次p出來了,后面四次一次都沒有p出來。模板,引物,pcr條件都試過了,這個到現在都不知道什么原因。
你說有時候剛提取出來的擴增條帶很好,不到一周就不行了,是不是dna被降解了?一般來說dan放在4度冰箱是可以保存兩個月的。一般溶解dna喜歡用tris ph 8.0 10mm。要不然師兄你試試吧。。。
水稻的話是要而且動作一定要快,液氮的,不然葉片咋個弄的碎喲,提取液用1.5%sds吧。感覺0.5%的話,稍微有點低。
請問一下師姐,要取多少的樣呢?可否用液氮磨碎后,再轉移到ep管,再加提取液?
首先答案是肯定的,這樣子弄可以的撒。
但是為什么要這樣做呢?
在液氮磨碎后轉移到ep管?你們用研缽磨碎的嗎?
還是說你們的樣本很難于磨碎,必須使用這樣的方式才能磨碎。
一般來說禾本科類的植物取樣本的量如水稻只需要3~5分之一葉片就足夠了,當然這個也是要根據你做的實驗的要求來的。
個人覺得如果做水稻這類禾本科植物的話不需要這么麻煩,這樣既浪費液氮,樣本的取樣量要求也必較大,中間肯定有損失的撒。其他比如木本植物什么的話,可以試試
一般都是酚-氯仿抽提法
我提擬南芥用的!要求不高,pcr就好!
這個提出來,黑乎乎的一坨!明顯的不是dna?。。╡dtana2 代替了edta)
話說我也是做擬南芥的哇
用這個方法簡單方便,很快的
至于為什么會黑乎乎一坨我還真沒遇到過?關鍵是你還用的是坨?
難道不是液體?你提出來是固態(tài)?????
不好意思上面這個說法有問題哈,按理來說溶解后的dna應該是無色的吧?
用異丙醇沉淀后,去上清,就是黑乎乎的了!目測是蛋白,加70%乙醇洗2次~ddh2o溶不了!
這個要怎么說好呢
sds這個方法大家運用的都已經很熟悉了
禾本科類的植物用這個方法都很快捷簡單
現在來回答生理生態(tài)學的這位蟲友哈,因為沒有名字只能這么稱呼了
至于我怎么提取的,具體方法請參照前面回帖,這里就不再說了
提取液的配方請參照前面的用量,次吸取的上清液應該是無色或者綠色的。說是無色的是因為如果你取樣特別微量(擬南芥播種后大約20天左右的苗去其葉片)的話,可能是看不到什么東西的,但dna是能提出來的。
如果這步么有問題,那么加入異丙醇沉淀,在管底可能會看到白色的沉淀物的。為啥我又要說可能呢?是因為擬南芥這個東西基因組本來就小,樣本再一小,提取出來的量就可能肉眼不見咯。
如果是水稻的話,可以看到很明顯的白色沉淀哈~~
如果這樣子還在黑乎乎的話,就不知道怎么回事了。。。
只能說求人品。。。。
我們有植物直接pcr試劑盒,無需單獨提取dna,快速、靈敏、特異性強,適用于植物樣品的高通量篩選和檢測。qq:
請問你在析出dna那一步,加入-20度無水乙醇后放在-20度冰箱中多久啊。放久了會不會對dna有影響啊。
水稻直接丁丁點葉片,想辦法搗爛巴點,加naoh95度煮煮數分鐘,加點酸中和,上清液就可以去做pcr了