pcr反應(yīng)體系解析如下:
1、引物
引物與模板配對(duì)的長(zhǎng)度應(yīng)至少為17個(gè)核苷酸,最高不宜超過30個(gè)核苷酸,最佳長(zhǎng)度為20-24個(gè)核苷酸,如需插入酶切位點(diǎn),應(yīng)在酶切位點(diǎn)5'端多加幾個(gè)堿基,有利于酶切。引物的(g+c)%含量組成應(yīng)均勻,盡量避免含有相同的堿基多聚體;兩個(gè)引物中(g+c)%含量應(yīng)盡量相似;引物內(nèi)部應(yīng)避免形成明顯的二級(jí)結(jié)構(gòu),如發(fā)夾結(jié)構(gòu);兩個(gè)引物之間不應(yīng)發(fā)生互補(bǔ);特別是在引物3'端最好有富有g(shù)c,這樣退火后有利于3'端的延伸。人工合成的引物需經(jīng)過色譜層析或page純化,以除去未能合成至全長(zhǎng)的短鏈等雜質(zhì)。引物的終濃度一般為0.1-1μm左右,濃度太高會(huì)導(dǎo)致非特異性擴(kuò)增,太低則擴(kuò)增產(chǎn)物太少。
2、模板
模板可以是單鏈dna,也可以是雙鏈dna,質(zhì)粒dna的擴(kuò)增效率略低于線狀dna。模板量一般不需太多,不超過1μg為宜,因?yàn)槟0辶窟^多可能導(dǎo)致非特異性擴(kuò)增增加,但是要考慮模板中靶序列的含量。例如:使用基因組為模板擴(kuò)增單拷貝或低拷貝靶序列,就需要適當(dāng)加大模板用量。
3、緩沖液buffer
緩沖液的ph值,鹽離子濃度、助溶劑成分等都會(huì)對(duì)pcr反應(yīng)產(chǎn)生影響。taq酶通用緩沖液ph值為8.4。mg2+濃度為1.5mm,可以適用于大多數(shù)pcr反應(yīng),但它并非對(duì)任何模板和引物的組合都是最佳的。
4、dna聚合酶
50μl反應(yīng)體系可用0.5-5u酶,酶量的選擇與模板dna的量、擴(kuò)增片段大小等有關(guān),酶量過多易發(fā)生非特異性反應(yīng),而且可能增加突變的機(jī)率,尤其在進(jìn)行高保真擴(kuò)增時(shí),應(yīng)盡量減少酶量,但酶量過少時(shí)反應(yīng)性能會(huì)下降。