冷凍干燥機從不同角度，具有不同分類方式。
從冷凍干燥機角度講，即冷凍干燥機的自身分類，按照不同的標準分類方式如下：
冷凍干燥機按照規(guī)格的大小分為：臺式冷凍干燥機、小型冷凍干燥機、中型冷凍干燥機和大型冷凍干燥機。
其中從擱板有效面積1～50 m2已基本形成系列，其關(guān)鍵部件均能通過采購方式從國內(nèi)外購買。習(xí)慣上，我們將1～ 10 m2的凍干機稱之為中型(生產(chǎn)型)凍干機;10～50 m2凍干機稱之為大型(生產(chǎn)型)凍干機。而1 m2以下(如0.4 m2或0.6 m2)凍干機稱之為實驗型凍干機。臺式和小型主要是應(yīng)用于實驗室，大中型主要是應(yīng)用于工廠規(guī)?；a(chǎn)等等。
按照式樣可分為：經(jīng)濟型、普通型、壓蓋型和多歧管型。其中經(jīng)濟型和普通型主要是應(yīng)用于一般的冷凍干燥，壓蓋型除了冷凍干燥外還具備真空包裝的性能，多歧管型具有冷凍速度快，使用方便的特點。