單細胞基因表達分析在基因表達研究中占有越來越重要的地位 單細胞基因表達分析是一種快速分析基因表達信息的技術，它通過快速和詳細分析成千上萬個表達序列標簽來尋找出表達豐度不同的sage標簽序列，從而接近完整地獲得基因組表達信息。
單細胞基因表達分析技術與基因芯片一起為目前兩種常見的基因表達譜研究方法。隨著第三代測序技術的發(fā)展，通過構(gòu)建cdna文庫，然后利用第二代測序技術的高通量優(yōu)勢對mrna文庫進行測序，進而進行基因表達譜分析的方法在基因表達譜研究中占有越來越重要的地位。
單細胞基因表達分析又稱定量即時聚合酶鏈鎖反應，是一種在dna擴增反應中，以螢光染劑偵測每次聚合酶鏈鎖反應（pcr）循環(huán)后產(chǎn)物總量的方法技術，有廣義概念和狹義概念。單細胞基因表達分析通過對pcr終產(chǎn) 物的分析或pcr過程的監(jiān)測，進行pcr起始模板量的定量，用外標法（熒光雜交探針保證特異性）通過監(jiān)測pcr過程（監(jiān)測擴增效率）達到定量起始模板數(shù)的目的，同時以內(nèi)對照有效排除假陰性結(jié)果（擴增效率為零） 。
觀察到的數(shù)據(jù)是抽樣過程中產(chǎn)生的離散形式，也就是說總體是恒定的，表達量越高的基因在抽樣結(jié)果中所占的比例越大。單細胞基因表達分析表達量低的基因可能即便有也無法被檢測出來。當然，重新對相同文庫進行測序，還是有可能找到更多表達的轉(zhuǎn)錄本。