緩釋消毒器的操作是有規(guī)程可循的。一般情況下緩釋消毒器有三種工作狀態(tài)：即自動、手動和旁通。通常不允許開啟旁通閥，只有在緩釋消毒器無法實現(xiàn)自動或手動的緊急情況下才允許臨時使用旁通閥。
一般緩釋消毒器分前加氯和后加氯。前加氯緩釋消毒器可設定為自動或手動狀態(tài)。當其自動時，加氯機投加量是根據進廠水的流量來控制的；當其手動時是根據進廠水的水質、水量人工給定投加量，一般情況下不宜超過2.2kg/h。特殊情況例外(如：原水水質惡化)。后加氯緩釋消毒器要設置成自動狀態(tài)，控制的信號是濾后水的余氯值與設定值的偏差。
正常通電時，先啟動管道泵，打開加氯機有關閥門，通電順序為：出廠水余氯分析儀>濾后水余氯分析儀>前加氯緩釋消毒器>后加氯緩釋消毒器。(清水渠內必須有濾后水)后加氯緩釋消毒器通電前，必須確認濾后水的余氯分析儀讀數(shù)已穩(wěn)定。后加氯的緩釋消毒器約8-30分鐘才能穩(wěn)定。
若通電前緩釋消毒器已正常使用，且內部的參數(shù)上次已設置好，本次通電無需重新設定。緩釋消毒器內部的存貯器已將設置的參數(shù)保存起來，若要改變參數(shù)設置，請有關工程技術人員現(xiàn)場指導。
若因市電造成突然停電，應先關閉緩釋消毒器有關閥門及氯瓶總閥，關閉緩釋消毒器電源時，順序為：后加氯緩釋消毒器>前加氯緩釋消毒器>濾后水余氯分析儀>出廠水余氯分析儀。
如果緩釋消毒器停電時間過長(超過24小時)，造成緩釋消毒器內部設置參數(shù)丟失，需重新輸入設定的參考數(shù)值。